La configuración de un servidor Email es una tarea compleja.
Los requisitos son extensos y el entendimiento de su funcionamiento debe ser preciso para evitar problemas.

Los puntos que debemos tener a consideración:

Correr un servidor propio tiene sus ventajas: la escalabilidad propia y el costo es inferior.
Sin embargo a veces puede resultar más sencillo saltarse todo esto y utilizar un servidor externo como Zoho, Office365, Google.

Una tercera opción es la de utilizar un servicio de reenvio de correos, como mailgun, donde creamos un correo con un dominio propio. Los correos recibidos en esa dirección, se redireccionan automáticamente a nuestro correo real, es a grandes rasgos una máscara (pero más complejo).

Protocolos

IMAP

Internet Message Access Protocol es el protocolo usado por la mayoría de las cuentas. Es donde utilizamos servidores remotos.
Utiliza dos puertos:

POP3

Post Office Protocol 3. Se descargan los mensajes de un servidor al cliente. Tiene la ventaja de ser rápido, no cargar el servidor con requests constantes y poder mantener acceso a los correos aún sin acceso a internet. Sin embargo elimina por defecto los correos del servidor al descargarlos al cliente, dificultando la sincronización.
Utiliza uno de los dos puertos:

SMTP

Es el encargado completamente de enviar y recibir los correos. No requiere autenticación. Si bien esto puede ser ventajoso, es lo que permite el spam.
También maneja las notificaciones de recepción de email.
Utiliza dos puertos:

SMTP relay

Importante mencionar que si vamos a mandar emails en masa o por grandes cantidades, el uso de un relay es importantísimo para que los correos no sean marcados como spam, liberar carga del servidor y mantener separadas nuestras transacciones, acciones, etc.
Su configuración puede ser compleja pero existen alternativas de terceros.

HTTP

Si bien no es un protocolo de correos como tal, sí es el protocolo por el cual lo más probable es que se acceda al email.
Es la parte de webmail mencionada más arriba.